法律分析：员工发现公司违法行为，可以采取内部举报或向相关部门举报的方式处理。内部举报应遵守公司内部规定及相关法律法规的规定，保障举报人的合法权益。举报人还可以向国家机关举报，获得法律保护。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第46条规定：“雇员发现用人单位有违法行为的，有权向有关部门报告或者投诉，也可以向社会公众进行举报。”
《中华人民共和国企业内部控制基本规范》第29条规定：“对于举报人在举报过程中所提供的真实情况，企业应当予以保密，并采取必要措施，保护举报人的合法权益。”
《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条规定：“任何单位或者个人发现有违反本法行为，有权向有关部门举报。”
总之，员工发现公司违法行为，应当及时采取相应的举报方式，维护自己的合法权益，推动企业建立完善的内部控制体系，促进企业可持续健康发展。
